سیستم مورد نظر ممکن است برای مدل سازی موتورهای مولکولی که می توانند انرژی شیمیایی را به انرژی مکانیکی یا کار تبدیل کنند جالب باشد. ما کاربردهای ممکن را در پمپ های ارسال پرتون، موتورهای چرخشی متصل به کار ATP-ase و همچنین موتورهای پالسی که توسط Bier پیشنهاد شده می بینیم. موتورهای مولکولی، اهداف نانوتکنولوژی هستند که در نتیجه تحولات بیولوژیکی بوجود آمده اند. همه موتورهای مولکولی، در کوانتوم انرژی متصل به هیدرولیز نوکلوئیدهای ATP/ADP یا در اختلاف پتانسیل های الکتروشیمیایی در سیتوپلاسم کاربرد دارند.